De aquariumbodem is een belangrijk onderdeel van de ➛inrichting, en vervult een aantal taken. Planten, met name ➛moerasplanten, wortelen er in voor houvast én voeding. Van groot belang daarbij is dat de bodem kan 'ademen': de bodem kan gassen uitwisselen met de vrije waterlaag erboven. Bodemsubstraat mag daarom niet te fijn zijn: dit slaat al snel dicht, waardoor er zuurstofloze zones ontstaan die tot ➛bodemrot kunnen leiden. Een korrelgrootte van 1 mm is wel een minimum.
Bodemsubstraat kan uit meerdere materialen bestaan. Traditioneel is het gebruik van ➛grind, dat alleen geschikt is als het weinig tot geen stoffen aan het water afgeeft. Het in de aquariumhandel zijnde kwartsgrind is veilig te gebruiken en heeft geen negatieve invloed op het water. Anders wordt het als grind van een bouwmarkt of tuincentrum wordt gebruikt, wat om die reden is af te raden. Zolang er geen zekerheid bestaat of kalk er een onderdeel van uitmaakt, is het niet geschikt. Dit is eventueel met een ontkalker te testen: Als het zand daarin gaat bruisen bevat het kalk. Met aquariumgrind kan dit risico worden vermeden, het prijsverschil is het waard. ➛Aquasoil is een relatieve nieuwkomer, hierbij gaat het om bemeste kleibolletjes met een doorsnede van een halve tot een kleine cm. Deze zijn in verschillende kleuren verkrijgbaar. De bolletjes fungeren als een voedselbuffer, verlagen de ➛pH en gaan, afhankelijk van de soort, tot 3 jaar mee.
Door de beperkte doorstroming neemt de bodem al snel een gemiddelde temperatuur aan tussen aquariumwater en kamer. Het is aan te raden de bodem te isoleren met bijvoorbeeld een laag piepschuim van liefst meer dan een centimeter. Sommige plantensoorten groeien zonder meer beter met 'warme voeten'. Om die reden is ➛bodemverwarming verkrijgbaar.
De voeding die de bodemgrond moet bieden is een onderwerp voor uitvoerige discussies. Er bestaat dan ook geen sluitend recept voor ieder aquarium. Alles hangt af van het type aquarium waar de inrichting op is gebaseerd. Grofweg kunnen bodems worden opgedeeld in drie typen:
Tussen deze twee uitersten is er het tweede type. Over het algemeen kan worden gesteld dat een speciaalaquarium, zoals in het eerste voorbeeld, met weinig ➛plantenvoeding toe kan, aangezien de nadruk daarin meer op een natuurlijke weergave met een beperkt aantal planten ligt. Een bodem van vuil zand kan echter wel plaatselijk worden verrijkt met voedselsupplementen die in de handel verkrijgbaar zijn. Van oudsher zijn daarvoor onder andere ➛kleikorrels verkrijgbaar, die vooral voor extra ➛ijzer zorgen. Verder zijn er capsules met een subtielere samenstelling, die meer zijn gerichte op de totale behoefte van planten, en in de juiste verhoudingen. Deze dienen geregeld te worden aangevuld.
Al deze supplementen hebben als voordeel dat planten naar behoefte kunnen worden bijbemest. Hiermee kunnen ook de nadelen van een voedingsbodem worden omzeild.
Type ➛binnenfilter waarbij het filtermedium zich in een compartiment in de bodem bevindt, of waarbij de bodem zelf als filter wordt gebruikt.
In het eerste geval moet de bodem diep genoeg zijn om de filter af te dekken, waarbij duidelijk zal zijn dat sterk wortelende planten er beter niet boven geplant worden. Sommige modellen steken eventueel boven de bodem uit. Formaat en filterende werking zijn uiteraard beperkt. Ook is het reinigen of wisselen van het inwendige filtermateriaal een lastige klus. Dit maakt een dergelijk filter weinig populair, en worden dan ook maar weinig meer toegepast. Bodemfilters worden veelal aangedreven met ➛luchtlift, maar dat kan vaak ook met een ➛buitenfilter.
In het laatste geval wordt de bodem deels of geheel verhoogd met een 'vloer' met daaronder wat aan een 'kruipruimte' doet denken. Vervolgens wordt hieruit water weggezogen, maar ook toevoeren van water (met een zeer geringe ➛stroming) wordt toegepast. Bij zowel aanzuigen als toevoeren krijgen de bodembacteriën meer zuurstof toegediend, al zal het niet veel zijn. Bij toevoeren kunnen planten die 'warme voeten' prefereren goed af zijn, zeker in combinatie met ➛bodemverwarming. Die laatste kan dan in die kruipruimte. In de handel zijn modulaire systemen te verkrijgen.