Afgeven van stoffen door planten, in sommige definities ook ➛algen, ➛schimmels en ➛bacteriën, om daarmee concurrerende organismen te beïnvloeden in de ontwikkeling en de eigen eetbaarheid te ondermijnen. Deze stoffen zijn te beschouwen als natuurlijke bestrijdingsmiddelen.
Vermoed wordt dat dit de voornaamste reden is waarom algen weinig kans maken zolang planten in het aquarium floreren. Dit is hoogstwaarschijnlijk ook de reden waarom sommige planten nauwelijks groeien, soms zelfs afsterven in een divers beplant aquarium, zelfs planten die bekend staan als onkruid. Planten zijn niet mobiel: vluchten of vechten is aldus geen optie, en het lijkt erop dat in de ➛evolutie handhaven in een wereld vol concurrentie tot een, weliswaar milde, chemische oorlogvoering heeft geleid. Deze stoffen zijn geen afvalproducten: planten maken deze gericht aan zonder ander doel.
Allelopathie is nog volop in onderzoek, en het begint steeds duidelijker te worden dat planten hier op grote schaal gebruik van maken. Het lijkt erop dat planten zich niet beperken tot één sterk middel, maar een cocktail: testen wijzen uit dat een combinatie van stoffen veel effectiever werken dan de stoffen afzonderlijk. Deze worden bovendien in zodanig subtiele hoeveelheden aangemaakt, dat de werking als verwaarloosbaar werd beschouwd. Dit is de reden dat dit fenomeen pas laat is ontdekt (1971).
Mogelijk dat veel problemen met aquariumplanten, en mogelijk ook dieren, op allelopathie zijn terug te herleiden, ook omdat in de beperkte ruimte van een aquarium de concentratie gestaag kan oplopen. Nog enigszins onduidelijk, maar zeer aannemelijk, is of echte waterplanten deze stoffen aan het omringende water afgeven. Van landplanten is bekend dat deze dergelijke stoffen aan de bodem afgeven. Dat gaat via de wortels, maar ook via de bladeren: in water oplosbare stoffen eindigen met regen in de omringende bodem.
Allelopathische stoffen zijn vrijwel alle op fenol gebaseerde alkaloïde stoffen, zogeheten aromatische koolwaterstoffen. Enkele bekende - en vaak sterke - van dit soort uit planten gewonnen stoffen zijn curare, morfine, nicotine, strychnine en ➛tannine.