NH₃
Ammoniak, chemische samenstelling NH₃, is een sterk ruikend kleurloos gas, en het eindproduct in het rottings- of ➛ammonificatieproces. Veel soorten bacteriën nemen hieraan deel.
Ammoniak is voor dieren giftig. In neutraal en enigszins zuur water, ➛pH 7 of lager, reageert het met zuren (H⁺) tot het veel minder giftige ➛ammonium (NH₄⁺), en vormt daarmee goed oplosbare zouten die als plantenvoeding kunnen dienen. In water met een pH bóven de 7 treedt de reactie met zuren echter niet op en kan de ammoniakconcentratie gevaarlijk hoog oplopen: één mg per liter is al dodelijk, al verschilt dit per vissoort. Dit kan al gebeuren na een 50% waterverversing in een gebied met hard, basisch kraanwater in een aquarium met zacht, enigszins zurig water. In Nederland wordt overigens gestreefd naar neutraal kraanwater, dus met pH 7. Daarom zal dit meestal geen risico vormen.
Veel vissen gaan bij een te hoge concentratie aan ammoniak aan het oppervlak happen alsof er sprake is van zuurstofgebrek, maar als het water een ammoniakgeur heeft, is dát de reden van hun gedrag. Andere symptomen kunnen zijn:
Vergiftiging met ammoniak staat ook bekend als (zuur- en) loogziekte.
Ammonificatie is de omzetting van eiwitrijk ➛organisch afval in vooral ➛ammoniak (NH₃) door ➛bacteriën, in de volksmond beter bekend als rotting. Dit is een belangrijk proces in de ➛stikstofkringloop, dat zuurstofloos verloopt. Ook het zeer giftige ➛H₂S komt daarbij vaak vrij.
In het aquarium is intensieve rotting, zoals een dood dier of verstopt filter, beter zo snel mogelijk op te ruimen, omdat in de beperkte ruimte de concentratie van het voor dieren giftige ammoniak te snel oploopt. Het is daarom voor het goed blijven draaien van een aquarium van belang rottingshaarden snel te verwijderen, zoals een dode vis of garnaal, of ➛bodemrot.
Bedenk daarbij echter wel dat ammoniak als stikstofbron ook door veel aquariumplanten wordt opgenomen. Rotting is met een florerend plantenbestand daarom veel minder een probleem dan in een vrijwel onbeplant cichlidenaquarium, eerder een essentiële bron van voeding. Restjes voedsel en bodemafval worden, behalve door bacteriën en schimmels, ook door garnalen en slakken verder verteerd, en kunnen voor planten weer een bron van ➛koolstof zijn, deels in de vorm van ➛kooldioxide.
NH₄⁺
Stof die in een zurig milieu ontstaat uit ➛ammoniak en ➛H⁺, en vormt, opgelost in water, zelf en zwak zuur. In tegenstelling tot ammoniak is ammonium tot vrij hoge concentraties onschadelijk voor dieren, en voor planten bruikbaar als ➛plantenvoeding. ➛Waterplanten nemen ammonium bij voorkeur via de bladeren op, en liever dan ➛nitriet en ➛nitraat. Voor die laatste is bovendien licht nodig en lijkt meer energie te kosten.
Ammonium is tevens een belangrijke voedingsbron voor ➛algenbloei.