Type ➛binnenfilter waarbij het filtermedium zich in een compartiment in de bodem bevindt, of waarbij de bodem zelf als filter wordt gebruikt.
In het eerste geval moet de bodem diep genoeg zijn om de filter af te dekken, waarbij duidelijk zal zijn dat sterk wortelende planten er beter niet boven geplant worden. Sommige modellen steken eventueel boven de bodem uit. Formaat en filterende werking zijn uiteraard beperkt. Ook is het reinigen of wisselen van het inwendige filtermateriaal een lastige klus. Dit maakt een dergelijk filter weinig populair, en worden dan ook maar weinig meer toegepast. Bodemfilters worden veelal aangedreven met een ➛luchtlift, maar dat kan vaak ook met een ➛buitenfilter.

In het laatste geval wordt de bodem deels of geheel verhoogd met een 'vloer', met daaronder wat aan een kruipruimte doet denken. Vervolgens wordt hieruit water weggezogen, maar ook aanvoeren van water (met een zeer geringe stroming) wordt wel toegepast.
De gedachte achter dit tweede type filter lijkt te zijn dat zuurstof in de bodem goed is. Bij zowel aanzuigen als toevoeren krijgen de bodembacteriën meer zuurstof toegediend. Of dit wenselijk is blijft de vraag. Zuurstofloze processen leiden niet zonder meer tot ➛rotting en giftige stoffen. Veel processen die in de bodem voedingsstoffen voor planten beschikbaar maken verlopen anaeroob. Deze filters zijn daarom geen garantie voor goede plantengroei, en kunnen dit zelfs verstoren. Het creëert een onnatuurlijke situatie.
Vissen die als broedvoorzorg hun eieren in de bodem leggen door daarin te duiken (substraatduikers), of met slagen van de staart de eieren onder het zand te brengen. Met name onder killivissen zijn dit veel voorkomende methoden. In plaats van de gehele bodem met een laag turfmolm te bedekken kan ook worden volstaan met een lage, brede glazen pot met een laag van 4 à 5 cm turfmolm. Neem de pot zo hoog dat er nog meerdere cm rand boven de laag uitsteekt, zodat de turf ook bij activiteit daarin blijft.
Bodemleggers worden vaak verward met ➛substraatbroeders.
Zuurstofarme zone in de aquariumbodem, waardoor rottingsprocessen ontstaan. Af en toe ontsnapt er uit de ➛bodem een gasbel, dit is ➛methaan of ➛zwavelwaterstof. Dit komt in iedere aquariumbodem voor en is doorgaans geen probleem. Dat wordt het wel als heel de bodem een rottingshaard wordt. Dit is te herkennen aan de zwarte verkleuring van het bodemoppervlak. Nu ontsnappen er veel meer gasbellen, zeker als de bodem wordt omgewoeld. Torenslakken vermijden rotte plekken, en als deze slakken helemaal niet meer in de bodem kruipen is waarschijnlijk heel de bodem een probleem.

In de natuur is bodemrot vrij normaal. De gemiddelde slootbodem, bestaande uit zeer fijn ➛zand, vermengd met de daarop liggende stevige laag organisch afval en vrijwel geen plantengroei, vormt een permanente rottingshaard. Gedurende het jaar wordt de organische laag aangevuld, met name in de herfst. Niet iets wat de meeste liefhebbers voor ogen hebben.
In een beplant aquarium met een goede groei komt bodemrot gelukkig zelden voor. Via de ➛plantenwortels wordt de bodem van zuurstof voorzien. Om die reden kan een dergelijke bodem ook van een fijnkorrelige ➛voedingsbodem worden voorzien.
Zonder een uitgebreid plantenbestand is bodemrot te voorkomen door bijvoorbeeld voor een minder fijn substraat te kiezen, en geen zand, maar ➛grind te gebruiken. Bedenk echter wel, dat zelfs grover grind door een teveel aan ➛detritus dicht kan slibben. Onderhoud is dan nodig. Met tactisch geplaatste filtermonden kan worden voorkomen dat detritus op de bodem blijft liggen en het onderhoud beperken, maar incidenteel of tijdens de wekelijkse ➛waterwissel een teveel aan bodemvuil wegnemen is onvermijdelijk. Een goede oplossing is dan, behalve grover grind, een dunnere bodemlaag van hooguit anderhalve cm te nemen.
Eenmaal aanwezige bodemrot kan in een beginstadium door omspoelen met een ➛hevelklok vaak wel worden opgelost. Is het grootste deel of heel de bodem aan het rotten, dan is herinrichten nodig, liefst met wat minder fijn materiaal of een dunnere laag, of met beplanting.